生物处理法也叫生物化学处理法，是处理有机污水的重要过程之一。在现阶段的食品污水处理工艺中，常见的生物处理方法主要有好氧、厌氧、土地处理和稳定塘等，由此结合化学处理法和物理处理法组合成各种各样的工艺。而食品加工污水属于有机污水，生物处理法主要用于二级处理工艺当中，有机物含量高就意味着生物处理法的目的是降解水中的CODcr和BOD5。

　　好氧处理通常使用于低浓度污水处理效果会非常好，工艺选择主要是利用微生物的生长形式来达到去除有机物的目的，其中主要分为膜法处理工艺和活性污泥处理工艺。膜法处理工艺的形式有生物滤池、生物转盘、生物接触氧化、塔式生物滤池、活性生物滤池、好氧流化床等;活性污泥处理工艺主要包括活性污泥法、生物吸附法、延时曝气法、间歇活性污泥法、阶段曝气法、完全混合法、氧化沟等。

　　在食品废水处理工艺中，厌氧生物处理工艺会更适用，主要是因为食品废水中的高浓度有机物十分利于生物降解，而且没有毒性。加之厌氧处理动力消耗非常低，因此产生的沼气也可以作为能源使用，生成的剩余污泥量比较少，厌氧处理系统会全部密闭，非常利用改善环境卫生，维持污泥长期储存，因此也可以季节性或者间歇性运转。